Последний айюбидский правитель решил создать новую армию, верную и подчинявшуюся только ему одному: армию рабов, в основном турецкого происхождения. Солдаты-рабы, названные мамлюки (дословно «принадлежащий» в переводе с арабского языка), были отнюдь не новшеством и воевали раньше.

Поддерживаемый мощью и богатством Египта, Саладин объединил Египет и внутреннюю Сирию перед встречей с крестоносцами на побережье. В 1157 году он разгромил их армии при Хаттине у Галилейского моря, после чего захватил Иерусалим. Крестоносцы остались лишь в отдельных городах на побережье.

Фатимиды захватили Египет в 969 году, и к 970 году их войска достигли Сирии с целью свергнуть Аббасидский халифат в Багдаде. Правители фатимидскои династии решили перенести свою столицу в Египет, который находился ближе к их противникам в Ираке, а также славился своим богатством.

Халифы были политическими преемниками пророка Мухаммеда. Первые халифы первоначально правили из Медины в Западной Аравии. За ними в 661 году последовали халифы Омейяды, которые находились в Дамаске. В 750 году власть взяли Аббасиды и основали столицу в Багдаде.

После поражений в Сирии в середине 630-х годов византийцам пришлось вести оборонительную тактику. К 642 году Египет был полностью захвачен мусульманами и стал провинцией халифата, так называлась империя мусульман. Большинство коптского египетского населения не сожалели об уходе византийцев.

В начале VII века в Западной Аравии зародилась новая религия, впоследствии изменившая мир. К 634 году арабские племена объединились под знаменем этой новой религии, ислама.

На протяжении двух веков, последовавших после принятия империей христианства, верховное духовенство, включая египетских епископов, вело обсуждение вопросов веры и «природы» Христа.

Хотя египетское христианство зародилось в Александрии, большинство новообращенных были египтянами, а не греками, и к 200 году н.э. христианство распространилось по всем египетским городам и в сельских районах.

История раннего христианства имеет много связей с Египтом.
Согласно преданиям, Святое семейство нашло убежище в Египте во время младенчества Иисуса. Считается, что первые египетские христиане были обращены в веру евангелистом Марком, который был первым египетским патриархом.

Как и Птолемеи, древнеримские императоры появляются в традиционной одежде фараонов на египетских храмах. Однако Египет теперь лишь провинция империи и больше не является ее центром, хотя он экономически процветал под римским правлением, по меньшей мере, до третьего века н.э.